სააგენტოს მანდატი მოიცავს სხვა სახელმწიფო უწყებებთან ერთად საქართველოს ეროვნული უსაფრთხოების წინააღმდეგ მიმართულ ქმედებათა აღკვეთა-შემცირებას და კიბერ დომეინში არსებული საფრთხეების დროულ გამოვლენასა და ნეიტრალიზაციას. სააგენტოს საქმიანობის ერთ-ერთ ძირითად მიმართულებას ასევე წარმოადგენს აღმასრულებელი ხელისუფლების ორგანოების სხვადასხვა საინფორმაციო-ტექნოლოგიური სერვისებით მხარდაჭერა.
თანამედროვე ტექნოლოგიების გამოყენებით, საქართველოს კონსტიტუციური წყობილების, სუვერენიტეტის, თავდაცვისუნარიანობის, ტერიტორიული მთლიანობის, მართლწესრიგისა და სამხედრო პოტენციალის წინააღმდეგ მიმართულ ქმედებათა შესახებ ინფორმაციის მოპოვება
სადაზვერვო და კონტრდაზვერვითი მიზნებისთვის ელექტრონული საკომუნიკაციო ქსელებით გადაცემული სატელეკომუნიკაციო ნაკადის მონიტორინგი
I და II კატეგორიის კრიტიკული ინფორმაციული სისტემის სუბიექტებში ინფორმაციული უსაფრთხოების მართვის სისტემის დანერგვა
I და II კატეგორიის კრიტიკული ინფორმაციული სისტემის სუბიექტებში კომპიუტერული ინციდენტების დროული გამოვლენა, მართვა და აღმოფხვრა
კიბერუსაფრთხოების უზრუნველმყოფი პრევენციული ღონისძიებების: ინფორმაციული უსაფრთხოების აუდიტისა და შეღწევადობის ტესტირების განხორციელება
ქბრბ საფრთხეების გამოვლენა შესაბამისი თანამედროვე ტექნოლოგიების გამოყენებით
ცალკეული სახელმწიფო უწყებების საინფორმაციო და საკომუნიკაციო სერვისებით მომსახურება
ელექტრონული დოკუმენტბრუნვის სისტემის შექმნა და შემდგომი განვითარება
API/PNR სერვისის ეროვნულ დონეზე მიწოდების კოორდინაცია
კლასიფიცირებული ინფორმაციის გაცვლის სისტემის შექმნა და მისი შემდგომი განვითარება
თანამედროვე ტექნოლოგიების გამოყენებით, სისხლის სამართლის საქმეზე ფაქტობრივი მონაცემების მოპოვება და ამ მიზნით ისეთ ღონისძიებათა განხორციელება, რომლებიც დაკავშირებულია: