სააგენტოს საქმიანობის ძირითადი მიმართულებები მოიცავს კიბერუსაფრთხოებას, ქბრბ საფრთხეებთან ბრძოლას, სასაზღვრო უსაფრთხოებას და საერთაშორისო თანამშრომლობას.
სააგენტო გაწევრიანებულია ევროკავშირის კომისიის ეგიდით მოქმედ საჯარო და კერძო პარტნიორობის მაკოორდინირებელ ევროპის კიბერუსაფრთხოების ორგანიზაციაში, რომლის წევრებიც არიან ევროკავშირის და მასთან ასოცირებული სახელმწიფოების კომპიუტერულ ინციდენტებზე რეაგირების ჯგუფები, წამყვანი აკადემიური და ბიზნეს ორგანიზაციები.
გარდა ამისა, მოცემული გაერთიანების წევრობა სააგენტოს აძლევს საშუალებას ევროკავშირის დაფინანსებით განახორციელოს სხვადასხვა ერთობლივი კვლევისა და შესაძლებლობების განვითარების პროექტი.
სააგენტო ასევე გაწევრიანებულია აშშ-ში დაფუძნებულ ინფორმაციული უსაფრთხოების სტანდარტიზაციის ორგანიზაციაში Center for Internet Security, რომლის მიერ მიღებულ ინფორმაციული უსაფრთხოების სტანდარტების გადმოტანსასაც ეროვნულ დონეზე დამტკიცებულ პოლიტიკებში, სააგენტო ეტაპობრივად ახორციელებს.
2017 წელს ირლანდიის ეროვნული უნივერსიტეტის კიბერუსაფრთხოებისა და კიბერდანაშაულის გამოძიების ცენტრთან (UCD CCI) გაფორმდა ურთიერთთანამშრომლობის მემორანდუმი, რომლის ფარგლებშიც სააგენტოს თანამშრომლებს აქვთ საშუალება გაიარონ სამაგისტრო პროგრამები და სერტიფიცირებული ტრეინინგ კურსები.
სააგენტო 2009 წლიდან, აშშ-ის ენერგეტიკის დეპარტამენტის (DOE) მხარდაჭერით, ბირთვული იარაღის გამოვლენისა და პრევენციის (NSDD) პროგრამის ფარგლებში, ახორციელებს საქართველოს სასაზღვრო გამტარ პუნქტებზე ბირთვული და რადიაციული სისტემების ინსტალაციას, მათი ტექნიკურ გამართულობის მონიტორინგს და შესაბამის ტექნოლოგიურ მომსახურებასა და განვითარებას.
2015 წელს ოპერატიულ-ტექნიკურ სააგენტოს ბაზაზე ჩამოყალიბდა ტექნოლოგიური ინოვაციებისა და სწავლების ცენტრი. ცენტრი შეიქმნა ბირთვული იარაღისა და რადიაციის გაუვრცელებლობის სფეროში საქართველოს, აშშ-სა და ევროკავშირს შორის სამმხრივი თანამშრომლობის განვითარების მიზნით.
„სასაზღვრო ოპერაციების მართვის სისტემის" (BOMS) პროექტის ფარგლებში, აშშ-ის თავდაცვის საფრთხის შემცირების სააგენტოს (DTRA) და საერთაშორისო მიგრაციის ორგანიზაციის (IOM) მხარდაჭერით, ელექტრონული დაკვირვების სისტემები მოეწყო სახელმწიფო საზღვრის სახმელეთო მონაკვეთებზე — 10 სასაზღვრო სექტორზე.
2022 წელს სააგენტოს ბაზაზე (დიდი ლილო) შეიქმნა მობილური დაკვირვების სისტემების ინტეგრაციის და მომსახურების ცენტრი.
ტრანსასაზღვრო საფრთხეებთან დაკავშირებული ინფორმაციის მართვის პროცესის გაუმჯობესების მიზნით, სააგენტო ახორციელებს სასაზღვრო უსაფრთხოების მაღალსიჩქარიანი ქსელის მოწყობას.
სააგენტომ დამოუკიდებლად განახორციელა „წითელი ხიდი-კასუმლოს" და „წითელი ხიდი-ჭანარის" ოპტიკურ-ბოჭკოვანი ქსელის მოსაწყობი სამუშაოები.
სააგენტო არის საქართველოს უფლებამოსილი წარმომადგენელი აღმოსავლეთ ევროპისა და ცენტრალური აზიის არაფორმალურ სამუშაო ჯგუფში სამგზავრო მონაცემების საკითხებზე (EECA IWG on Passenger Data), რომელიც ფუნქციონირებს გაერთიანებული ერების ორგანიზაციის კონტრტერორისტული მოგზაურობის პროგრამისა (UNOCT) და ევროპაში უსაფრთხოებისა და თანამშრომლობის ორგანიზაციის (OSCE) ეგიდით.
სამუშაო ჯგუფის ფარგლებში განსაკუთრებული მნიშვნელობა ენიჭება ინფორმაციისა და პრაქტიკული გამოცდილების მიმოცვლას, API/PNR მონაცემების ეფექტიანად დამუშავებას და რისკების ანალიზის შესაძლებლობების გაძლიერებას.
2026 წლისთვის საქართველო არჩეულ იქნა სამუშაო ჯგუფის თავმჯდომარე ქვეყნად (Chair).
